Pandas中Apply函数加速百倍的技巧分享_Python

Pandas中Apply函数加速百倍的技巧分享

2022-07-29 17:03程序员小八 Python

虽然目前dask,cudf等包的出现，使得我们的数据处理大大得到了加速，但是并不是每个人都有比较好的gpu。本文为大家分享几个Pandas中Apply函数加速百倍的技巧，希望有所帮助

前言

虽然目前dask,cudf等包的出现，使得我们的数据处理大大得到了加速，但是并不是每个人都有比较好的gpu，非常多的朋友仍然还在使用pandas工具包，但有时候真的很无奈，pandas的许多问题我们都需要使用apply函数来进行处理，而apply函数是非常慢的，本文我们就介绍如何加速apply函数600倍的技巧。

实验对比

01 Apply(Baseline)

我们以Apply为例，原始的Apply函数处理下面这个问题，需要18.4s的时间。

				?

									import pandas as pd

									import numpy as np

									df = pd.DataFrame(np.random.randint(0, 11, size=(1000000, 5)), columns=('a','b','c','d','e'))

									def func(a,b,c,d,e):

									    if e == 10:

									        return c*d

									    elif (e < 10) and (e>=5):

									        return c+d

									    elif e < 5:

									        return a+b

									%%time

									df['new'] = df.apply(lambda x: func(x['a'], x['b'], x['c'], x['d'], x['e']), axis=1)

CPU times: user 17.9 s, sys: 301 ms, total: 18.2 s
Wall time: 18.4 s

02 Swift加速

因为处理是并行的，所以我们可以使用Swift进行加速，在使用Swift之后，相同的操作在我的机器上可以提升到7.67s。

				?

									%%time

									# !pip install swifter

									import swifter

									df['new'] = df.swifter.apply(lambda x : func(x['a'],x['b'],x['c'],x['d'],x['e']),axis=1)

									HBox(children=(HTML(value='Dask Apply'), FloatProgress(value=0.0, max=16.0), HTML(value='')))

CPU times: user 329 ms, sys: 240 ms, total: 569 ms
Wall time: 7.67 s

03 向量化

使用Pandas和Numpy的最快方法是将函数向量化。如果我们的操作是可以直接向量化的话，那么我们就尽可能的避免使用：

for循环；

列表处理；

apply等操作

在将上面的问题转化为下面的处理之后，我们的时间缩短为：421 ms。

				?

									%%time

									df['new'] = df['c'] * df['d'] #default case e = =10

									mask = df['e'] < 10

									df.loc[mask,'new'] = df['c'] + df['d']

									mask = df['e'] < 5

									df.loc[mask,'new'] = df['a'] + df['b']

CPU times: user 134 ms, sys: 149 ms, total: 283 ms
Wall time: 421 ms

04 类别转化+向量化

我们先将上面的类别转化为int16型，再进行相同的向量化操作，发现时间缩短为：116 ms。

				?

									for col in ('a','b','c','d'):

									    df[col] = df[col].astype(np.int16) 

									%%time

									df['new'] = df['c'] * df['d'] #default case e = =10

									mask = df['e'] < 10

									df.loc[mask,'new'] = df['c'] + df['d']

									mask = df['e'] < 5

									df.loc[mask,'new'] = df['a'] + df['b']

CPU times: user 71.3 ms, sys: 42.5 ms, total: 114 ms
Wall time: 116 ms

05 转化为values处理

在能转化为.values的地方尽可能转化为.values，再进行操作。

此处先转化为.values等价于转化为numpy，这样我们的向量化操作会更加快捷。

于是，上面的操作时间又被缩短为：74.9ms。

				?

									%%time

									df['new'] = df['c'].values * df['d'].values #default case e = =10

									mask = df['e'].values < 10

									df.loc[mask,'new'] = df['c'] + df['d']

									mask = df['e'].values < 5

									df.loc[mask,'new'] = df['a'] + df['b']