《御赐小仵作》中的楚楚，来自仵作世家，楚楚的爸爸在当地就是仵作，楚楚的爷爷也是仵作，她爷爷的爷爷也是仵作，是当地很有名气的仵作，屡破奇案。
楚楚是一位许氏娘子所生，当初许氏娘子来到黔州投靠娘家许家，自称夫家人已经全部去世。可许家人却都不待见她，最后许氏娘子受不了这种“歧视”怀孕8月竟然撞墙身亡，许家也觉得这种事说出去不光彩所以请了楚家仵作让他将许氏娘子草草掩埋。
楚父看着许氏娘子可怜想给她找一副棺材却意外发现她腹中胎儿还活着，而这个孩子就是女主楚楚。外面传言楚楚的身世有人说是楚父的私生女，有人说是楚父在乱坟岗上捡来的，但不管哪个说法都要比“棺材子”好听，如果百姓知道楚楚是“棺材子”身份那以后楚楚嫁人都会成问题，所以楚楚的身世才被瞒了下来。
随着楚楚身世的揭开萧瑾瑜也逐渐放松了警惕，但在寻找父亲萧恒下落的时候萧瑾瑜却发现楚楚“棺材子”的身份另有隐情。
许氏娘子在那段时间投靠娘家许家刚好能对应上父亲萧恒被害的时间，这时候许如归再次出现并告诉楚楚他是亲舅舅的身份让整件事变得越来越复杂。楚楚被许如归带走，萧瑾瑜也更加肯定楚楚的身世另有隐情。许如归是帮朝廷宦官做事那么如果许如归真是楚楚的亲舅舅，那萧瑾瑜与楚楚就是仇家。
这时候剧情再次发生了变化。当年萧瑾瑜的父亲萧恒接到皇帝命令去西南平复叛贼陈璎。可到了那边萧恒才发现陈璎是好的，而皇帝派去帮助萧恒的阉人秦栾与当地反贼勾结，皇上远在千里，这时候秦栾想到假传圣旨借机除掉陈璎和萧恒。
秦栾回京复命后告诉皇上是反贼陈璎害了萧恒，后面秦栾拼死又击杀了陈璎，就这样是非颠倒，萧恒不明下落陈璎被判反贼诛九族，而陈璎的妻子许氏逃难到黔州娘家许家。许家在得知陈璎的事情后想逼走许氏娘子却不想许氏娘子不忍屈辱直接撞墙。
或许是怕节外生枝，没多久许家举家搬迁，等楚父再想找到许家的时候已经晚了。所以楚楚“棺材子”身份的背后另有隐情，而楚楚与萧瑾瑜也并非仇家关系。只要找到萧恒或者揭露秦栾的阴谋，所有的真相就都会解开，不过这其中牵连甚广，还有很多困难在等待着他们。
